موسیقی را با شاگردی نزد کسانی مثل پرویز مشکاتیان و محمدرضا لطفی یاد گرفته. او از معدود آهنگسازان و نوازنده‌های ایرانی است که «موسیقی‌شناسی قومی» را جدی و پی‌گیر دنبال کرده و تا کارشناسی ارشد دل از این رشته نکنده.
سیامک آقایی، فقط یک سنتورنواز جهانی نیست. فقط یک پژوهشگر جهانی موسیقی و بداهه‌نواز بین‌المللی و مدرس و معلم و پیشرو موسیقی سنتی ایرانی هم نیست. انگار جوانی است با قرن‌ها تجربه نوآوری و شور و عشق به سازش: «من سنتور را از وجوه مختلف دوست دارم و به سمتش حرکت کردم. نزدیک به ۴۰۰ جفت مضراب دارم که دیدن‌شان مرا گیج می‌کند و لذت می‌بخشد. چرا این لذت را با دیگران به اشتراک نگذارم؟»
همین عشق و لذت بود که باعث شد برای نخستین بار، پنج سنتور نواز را کنار هم جمع کند و گروه سنتورنوازان را تشکیل دهد و «ز بعد ما» را منتشر کند؛ نوع و سبکی از نوازندگی که خودش می‌گوید «به تمامی کشف و تبدیل و تغییر بود»:
او با بعضی از پروژه‌های جهانی موسیقی همکاری کرده. صدای سنتور سیامک آقایی را در پروژه معروف The Knights بشنوید:
سیامک آقایی، در گفت‌وگویی گفته که از موسیقی‌ای که تمام عمرش را روی آن گذاشته، شاکی است؛ «من از این موسیقی شاکی هستم که این همه محدودیت مواجه است و نمی‌داند از زیر فشار این همه محدودیت چگونه بلند شود. به شعر آن دست بزنید، بی‌محتوا می‌شود. یک مقدار موسیقی‌اش را جابه‌جا کنید، به ناکجاآباد می‌رود. شعر نو بیاورید، جواب نمی‌دهد و باید از ریتم‌های ترکیبی استفاده کنید. پر از محدودیت است. سنتور را با پیانو مقایسه کنید، کمانچه را با ویولن، همه‌اش محدودیت است. چون موسیقی آن محدود بوده. قرار بوده ناصرالدین شاه و چهار تا اشراف‌زاده را راضی کند.»*
اما همین نوازنده شاکی با نوازنده‌های آمریکایی، ژاپنی، هلندی، آلمانی و … همکاری کرده و صدای سنتورش را جهانی کرده. صدایی که در پروژه معروف جاده ابریشم هم طنین‌انداز شد:
در پروژه بین‌المللی لابیرنت هم نوای سنتور او را بشنوید:
او بعد از برگزاری کنسرت پرشور و پرسوز و گداز «یاد باد» به یاد استادش پرویز مشکاتیان، آلبومی با همین نام منتشر کرد که می‌گوید، «سرمایه زندگی‌اش را وقف انتشارش کرده»:
سیامک آقایی نوازنده است. مدرس موسیقی. ساز می‌سازد. کنسرت برگزار می‌کند. سفر می‌کند و سازش را در گوشه و کنار دنیا به صدا در می‌آورد. می‌گوید دنبال کار خوب است و کیفیت خوب برای صدای سازش؛ صدای سنتورش که عاشقانه از آن حرف می‌زند. می‌خواهد سیراب شود انگار از این ساز…
چند اجرا از سیامک آقایی را در ساوندکلاود گوشه بشنوید:
بعضی از کارهای او را در اسپاتیفای گوشه بشنوید:
نظر شما